Fue detenido el día 26 de Julio ante su mujer, embarazada de seis meses, y sus dos hijas pequeñas por cuatro hombres con el uniforme de la Falange, que llevaban insignias con el corazón de Jesús e iban armados con fusiles. Dos de ellos llevaban tonsura, por lo que siempre se ha dicho que Isaías fue detenido por sacerdotes.

Su mujer rompió a llorar y los falangistas le dijeron que su marido iba a hacer una declaración y volvería pronto, que le preparara la cena. Al arrancar el coche, dijo adiós con la mano. Fue la última vez que lo vieron.

El día siguiente su suegro se lanzó a buscarlo por todos los lados. Finalmente lo encontró en el Depósito. Lo reconoció por las botas: estaba entre un montón de cadáveres, y su cuerpo aparecía manchado de barro. Le dijeron que lo habían matado en el Cabildo. No le dejaron recuperar el cadáver, aunque le entregaron un pañuelo agujereado. Le faltaba el reloj y la estilográfica. El abuelo no dio más datos, pero el informe forense que aparece en el Certificado de Defunción dice que su muerte se debió a hemorragia interna, es decir, no fue muerto por arma de fuego. Fue enterrado el día uno de Agosto en la fosa común que había en el Cuadro 46 del Cementerio del Carmen de Valladolid.